游戏的另一大特色是其PVP玩家对战模式，玩家可以设置旗舰、调整舰队阵型，参与舰队阵型大比拼。同时，玩家还可以发展自己的岛屿，自由部署岛屿地皮，搭配炮台武器打造最强防御阵型，以抵御来犯敌舰。
《舰队指挥官》是一款RTS即时海战手游，其高度还原现实军备武器搭配思路，允许玩家实时指挥战斗，体验战术级海战。这款游戏不仅拥有实时指挥的操作自由，也提供了战舰策略搭配的乐趣，以独特的战斗形式打造新颖的战争体验。
【弹道武器】
弹道类型武器的特点，射速快、射程短、子弹飞行快。在舰队近战中使用，或者配备为近战防御使用而不作为主力战斗武器。基地战中弹道类型的武器无法越过城墙直接攻击目标，需要优先将城墙摧毁。
【制导武器】
制导武器类型特点，射程远、射速慢、子弹自动跟踪目标。常作为舰队的主力武器，基地战内可以直接翻越城墙攻击目标，作为舰队战的主力武器而存在。
【高爆武器】
高爆类型武器特点，射程远、射速慢、溅射伤害、子弹飞行慢、无法自动跟踪目标。基于高爆武器子弹不跟踪而却飞行慢的情况下，舰队战很容易让对方躲避。因此高爆武器常作为基地战的主力武器，攻击固定目标的一把好手。
【水下武器】
水下武器特点，射程远、射速慢、自动跟踪目标、仅特殊船体可配备。作为唯一可攻击水下潜艇的武器，其同制导武器一样具有相应的特征，但需要注意水下武器无法攻击陆地上的建筑，因此基地战基本用不到。
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此外，游戏还提供了公海与战斗同屏技术，玩家可以通过观战学习海战经验，体验公海万艘舰船同屏约战的盛况。游戏玩法丰富，包括各种战斗模型副本，玩家可以团结盟友指挥战斗，成为一个真正的指挥官。
1.个性战舰，突显强大；
2.梦幻星海，领军作战；
3.科技武器，激光发射。
在游戏中，玩家需要实时指挥舰群行动，将目标覆盖在自己的火力范围内，舰群便会自动开火。这种战斗方式可以演变出多种战术，需要玩家仔细揣摩。此外，游戏还提供了百余种武器装备供玩家选择，可以解锁、升级并自由搭配到舰船上，以打造特性战舰，形成强壮舰队，获取战斗的胜利。
【船体研究室】
船体研究室内可以研究解锁船体、装甲用以军舰建造时选择搭配，越高级的科技研究会消耗更多时间跟资源，保证自己充足的资源是关键。
【武器研究】
武器研究室内可以研究解锁舰载武器、炮台武器、火箭。舰载武器仅能搭载在军舰上，炮台武器仅能搭配在炮台上，火箭仅能在火箭基地内建造用于战斗内远程打击使用。
【装置研究室】
装置研究室内可以研究解锁舰载装置、炮台装置，不同的装置具有不同的效果，合理配合武器、船体可以起到扬长避短的效果
【蓝图研究室】
蓝图研究室意为帝国的科技研究室，可以从帝国运输舰内获得蓝图科技图纸，完成整个蓝图可以建造帝国的科技武器、装置、装甲等技术。
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