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1、概念不同：
执业医师是指具有医师执业证及其级别为执业医师且实际从事医疗、预防保健工作的人员，不包括实际从事管理工作的执业医师。
主治医师是医院的职称之名，医生职称的一种，比住院医师高一级，比副主任医师低一级，属于中级职称。不同于主治医生或主治大夫。
2、类别不同：
(1)执业医师类别分为临床、中医、口腔和公共卫生。中医类包括中医、民族医和中西医结合，其中，民族医又含蒙医、藏医、维医、傣医、朝医、壮医。
(2)职称分类有住院医师(助教，二级教师，助理工程师，实习研究员)、主治医师(讲师，一级教师，工程师，助理研究员)、副主任医师(副教授，高级教师，高级工程师，副研究员)、主任医师(教授，特级教师，研究员工程师，研究员)
3、报名条件不同：
(1)执业医师：
A.具有高等学校医学专业本科以上学历，在执业医师指导下，在医疗、预防、保健机构中试用期满一年的;
B.取得执业助理医师执业证书后，具有高等学校医学专科学历，在医疗、预防、保健机构中工作满二年;具有中等专业学校医学专业学历，在医疗、预防、保健机构中工作满五年的。
C.具有高等学校医学专科学历或者中等专业学校医学专业学历，在执业医师指导下，在医疗、预防、保健机构中试用期满一年的，可以参加执业助理医师资格考试。
D.以师承方式学习传统医学满三年或者经多年实践医术确有专长的，经县级以上人民政府卫生行政部门确定的传统医学专业组织或者医疗、预防、保健机构考核合格并推荐，可以参加执业医师资格或者执业助理医师资格考试。考试的内容和办法由国务院卫生行政部门另行制定。
(2)主任医师：
a.参加内科主治医师资格考试的人员，应具备下列基本条件:
b.遵守中华人民共和国的宪法和法律;
c.遵守《中华人民共和国执业医师法》，并取得执业医师资格;
d.具备良好的医德医风和敬业精神;
e.已实施住院医师规范化培训的医疗机构的医师须取得该培训合格证书。
f.医学中专学历，取得执业医师资格满7年。
g.医学大专学历，取得执业医师资格满6年。
h.医学本科学历，取得执业医师资格满5年。
i.临床医学硕士专业学位，取得执业医师资格满2年。
j.取得临床医学博士专业学位。
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